Фамилия Макаркина образована от имени Макарка — народной, обиходной формы крестильного мужского имени Макарий. В переводе с греческого μακάριος (макариос) означает «блаженный, счастливый». Имя Макарий было широко распространено в церковной среде, но в быту его часто сокращали до Макар, Макарка. От этой уменьшительной формы и пошла фамилия.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Макарки). Поэтому фамилия Макаркина буквально означает «потомок Макарки». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются у носителей из центральной России, фамилии на -ин особенно характерны для северных и поволжских регионов, а также для некоторых областей Сибири. Впрочем, точная географическая привязка именно для Макаркиных требует отдельного исследования.

Основатель рода, скорее всего, был выходцем из рабочей или крестьянской среды. В дореволюционной России полное церковное имя Макарий чаще встречалось у духовенства и образованных слоёв, а просторечное Макарка — у крестьян и посадских людей. Фамилия закрепилась за потомком того, кого в документах или в быту звали именно Макаркой.

Интересно, что в русском языке имя Макар со временем обросло прозвищным смыслом: «Макар телят гоняет» — так говорили о нерадивом или простоватом человеке. Однако сама фамилия Макаркина к этому фольклорному контексту прямого отношения не имеет: она лишь фиксирует имя предка. Встречаются и однокоренные фамилии — Макаров, Макаркин, Макарихин, — но Макаркина образована именно от уменьшительной формы на -ка, что подчёркивает её народное, бытовое происхождение.