Фамилия Макаркины — одна из тех, что образована напрямую от имени, точнее, от его обиходной, народной формы. В основе лежит крестильное имя Макарий (в переводе с греческого — «счастливый»), а в повседневной речи на Руси оно чаще всего звучало как Макарка. Именно от этого уменьшительного варианта и пошла фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Макарки). Так потомки человека по имени Макарка и стали Макаркиными.

По словообразовательной модели это типичная «патронимическая» фамилия, каких в России тысячи: Ивашкин, Петькин, Васькин. Но есть в ней и своя особенность. В отличие от фамилий на -ов, которые тоже образуются от имён (Макаров), форма на -ин чаще закреплялась за именами, оканчивающимися на -а или -я. Макарка как раз подходит под это правило. То есть Макаркины и Макаровы — родственники по корню, но первая фамилия возникла от разговорного, «домашнего» прозвища, а вторая — от полной церковной формы имени.

Точное время и место появления фамилии Макаркины проследить сложно: фамилии у крестьян и мещан в разных губерниях закреплялись вплоть до конца XIX века. Однако можно предположить, что носители фамилии жили в регионах, где имя Макар было особенно популярно, — например, в среднерусских и поволжских областях. Встречается и написание с одной «к» — Макаркин, что фонетически более точно, так как двойная согласная в фамилиях часто появлялась позже, под влиянием канцелярской записи.