Фамилия Макарьин — одна из тех, что образована напрямую от крестильного имени, но с не самой частотной моделью. Разберёмся по порядку.

В основе лежит мужское имя Макарий (в переводе с греческого — «счастливый»). Однако фамилия пошла не от полной церковной формы, а от её производной, разговорной — Макарь. Это типичный для русской ономастики случай: полное имя сокращали в быту, а потом именно эта сокращённая форма становилась фамильным прозванием. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Макарьин, то есть сын или потомок Макаря.

Здесь важно отличие от более массовых фамилий вроде Макаров или Макарьев. Макаров образован от формы Макар (с усечением конечного -ий), а Макарьев — от формы Макарий напрямую (с суффиксом -ев). Макарьин же закрепил промежуточный, народный вариант имени, который был в ходу в северных и центральных губерниях России. Если встретите Макарьина, можно с большой вероятностью предположить, что его предки жили в регионах, где говорили именно «Макарь», а не «Макар».

Точную дату возникновения фамилии назвать невозможно: процесс шёл несколько столетий, с XVI по XIX век, и зависел от сословия. Крестьяне и мещане получали фамилии позже дворян. Однако сама модель — имя + -ин — одна из древнейших в русской фамильной системе, она фиксируется уже в XV веке.

Встречается фамилия и в форме Макарьины (множественное число, обозначающее весь род). По написанию её легко спутать с притяжательным прилагательным от имени Макарья — но это женская форма имени Макарий, которая в качестве основы для фамилии встречается значительно реже. Так что основная, самая правдоподобная версия — происхождение от мужского имени Макарь.

Несмотря на кажущуюся простоту, фамилия Макарьин — хороший пример того, как народная речь закреплялась в официальных документах и становилась наследственным родовым именем.