Фамилия Макарина — типичный пример «материнской» фамилии, образованной по модели, которая была распространена в северных и центральных губерниях России. В отличие от «отцовских» фамилий на -ов/-ев (сын Макара → Макаров), фамилия Макарина указывает на прямую связь с женщиной, главой дома.

В основе лежит женское имя Макарина — разговорная форма крестильного имени Макария (от греческого «макариос» — блаженный, счастливый). Суффикс -ин в данном случае работает так: «чей?» — Макарин, то есть сын или дочь Макарины. Чаще всего такую фамилию получали внебрачные дети, которых записывали по матери, или дети, оставшиеся с матерью после смерти отца. В некоторых регионах, например в Архангельской или Вологодской губерниях, фамилии на -ин вообще преобладали, и там Макарина могла возникнуть и от полного мужского имени Макар (с усечением основы: Макар → Макарин, под влиянием местного говора).

Мужской вариант фамилии звучит так же — Макарина, и склоняется по общим правилам. Встречается реже, чем Макаров, но имеет чёткую географическую привязку: по данным переписей, фамилия заметно чаще фиксируется на Русском Севере и в Поволжье. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -ин от женских форм имён описывается как характерная для северных территорий, что подтверждает эту версию.

С точки зрения семантики, фамилия не связана с ремеслом или прозвищем — она чисто патронимическая (точнее, метронимическая). Предок носителя фамилии мог быть сыном или дочерью женщины по имени Макарина, а сама Макарина, вероятно, была либо вдовой, либо матерью, чьё имя закрепилось за детьми в документах. Никакой «блаженности» в характере фамилия не несёт — имя давалось по святцам, а не по личным качествам.