Фамилия Макарий — редкий случай, когда в основе лежит не простонародная форма имени, а сама его полная церковная версия. Обычно от крестильного имени Макарий образовывали фамилии через суффиксы принадлежности: Макаров, Макарьев, Макашин. Но здесь мы видим иную модель: имя перешло в фамилию без изменений, по типу «непрозвищных» фамилий, которые давали в духовном сословии. Семинаристы и выпускники духовных училищ нередко получали фамилии по именам святых или по праздникам, и «Макарий» — характерный пример такой искусственной, книжной фамилии.

Само имя Макарий восходит к греческому makarios — «счастливый, блаженный». В православной традиции это имя носил преподобный Макарий Великий, египетский пустынник IV века. Согласно житию, на сороковом году жизни он был рукоположен пресвитером, после чего стал совершать богослужения среди многочисленных учеников. Имя было популярно в монашеской среде, но в миру встречалось реже, чем его краткие формы — Макар, Макаша.

Фамилия Макарий почти не встречается в крестьянской или купеческой среде. Её носителями, скорее всего, были потомки церковнослужителей или люди, получившие фамилию при поступлении в семинарию. Географически она редка, но может быть связана с регионами, где было сильно влияние старообрядчества или где почитали святых с этим именем.

Словообразовательная модель здесь уникальна: фамилия не имеет типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский), а представляет собой чистое имя в именительном падеже. Это сразу отличает её от массовых фамилий и указывает на позднее, искусственное происхождение — скорее всего, не раньше XVIII века, когда в России начали массово давать «семинарские» фамилии.