Фамилия Макарин образована от канонического мужского имени Макарий. В переводе с греческого языка оно означает «блаженный, счастливый». В основе фамилии — разговорная форма имени, которая в русском быту звучала как Макара или Макар. Такое сокращение было привычным: полное церковное имя Макарий в повседневной речи упрощали, отбрасывая окончание.

Суффикс -ин указывает на модель образования: «чей?» — Макарин, то есть сын или потомок человека по имени Макара. В русской ономастике фамилии на -ин характерны для северных и центральных областей, где притяжательная форма на -ин была распространённее, чем на -ов. Если бы фамилия произошла от полной формы Макарий, она скорее звучала бы как Макариев или Макарьев.

Стоит обратить внимание на редкий для этой фамилии вариант ударения. В большинстве случаев фамилию произносят с ударением на второй слог — Мака́рин. Однако в некоторых говорах, особенно в Поволжье, встречается ударение на первый слог — Ма́карин. Такое разночтение связано с местными диалектными особенностями: в одних регионах имя Макар произносили с ударением на последний слог, в других — на первый.

Семантически фамилия Макарин не связана с ремеслом или прозвищем. Её корень — исключительно личное имя, что типично для так называемых «патронимических» фамилий, которые составляют основу русского фамильного фонда. Носитель такой фамилии — потомок человека, которого в миру звали Макарой, а в церкви — Макарием.