Фамилия Макаринов образована от крестильного имени Макарий (греч. makarios — «блаженный», «счастливый») с помощью суффикса -ин- и патронимического окончания -ов. Но здесь есть одна деталь, которая отличает её от более привычных Макаровых или Макарьевых.

Суффикс -ин- в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность к матери или на женскую линию (например, Марьин, Татьянин). Однако в случае с Макариновым модель сложнее. Вероятнее всего, основа Макарин- — это краткая форма от имени Макарий (Макарин), а затем к ней добавили -ов, чтобы фамилия звучала как типичная патронимическая (сравните: Кузьмин — Кузьминов, Ильин — Ильинов). Такая двойная суффиксация встречается реже и часто свидетельствует о более позднем оформлении фамилии, когда исходная форма (Макарин) уже не воспринималась как «фамильная», и её «подгоняли» под распространённый шаблон.

Географически фамилия не массовая, но встречается в центральных областях России, а также в Поволжье, где имя Макарий было популярно благодаря почитанию преподобного Макария Желтоводского. Предки носителя фамилии могли быть как крестьянами, так и духовенством — среди священников имя Макарий было очень распространено, а фамилии на -инов нередко давали в семинариях.

Если сравнивать с однокоренными: Макаров — самая частая форма (от простонародного Макар), Макарьев — от полной формы имени, а Макаринов стоит особняком, как вариант, сохранивший редкую словообразовательную цепочку. Встречается также вариант написания с одной «н» — Макаринов, что не меняет сути, но может указывать на случайную описку в документах.