Фамилия Махагонов — редкая, и её происхождение неочевидно. В ней нет привычного суффикса -ов/-ев, который в 60% русских фамилий указывает на отчество от крестильного имени (Иван — Иванов). Здесь основа «Махагон» явно не русская, а суффикс -ов — поздний, приставленный к основе для адаптации.

Самая вероятная версия: фамилия связана с названием ценной породы дерева — махагони, или красного дерева. Это слово пришло в русский язык из английского (mahogany) через торговлю. В России махагоном называли мебель из красного дерева, которая была признаком богатства в XVIII–XIX веках. Прозвище «Махагон» мог получить человек, связанный с обработкой или продажей такой мебели: краснодеревщик, столяр, торговец антиквариатом. Либо так прозвали за внешность — за красноватый оттенок лица, рыжие волосы или смуглую кожу, похожую на цвет дерева.

Менее распространённая, но возможная версия — от тюркского личного имени или прозвища. В некоторых тюркских языках есть корни, созвучные «маха» (похвала, хвала) или «махай» (бык, силач). Тогда «Махагон» могло быть прозвищем сильного или хвастливого человека. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -ов в таком случае появился бы только при русификации, а сама фамилия встречается почти исключительно в русскоязычной среде, а не в тюркских регионах.

Написание «Махагонов» с буквой «а» после «х» (а не «Махагонов») не случайно. В русском языке слово «махагони» закрепилось именно в таком виде — через «а», в отличие от английского оригинала. Поэтому фамилия сохранила эту орфографическую особенность.

Фамилия не принадлежала дворянству и не встречается в старых родословных книгах. Она скорее всего сформировалась в среде ремесленников или купцов в конце XVIII — начале XIX века, когда в России распространилась мода на мебель из красного дерева. Географически носители фамилии рассеяны: отдельные семьи встречаются на юге России, в Поволжье и в Сибири, но без ярко выраженного регионального центра.