Фамилия Махарков — редкий случай, когда основа неочевидна. С первого взгляда кажется, что перед нами типичная отчество на -ов от имени Махар, но такого имени в русских святцах нет. Разгадка лежит в диалектной фонетике: «Махарков» — это вариант фамилии Макаров, где корневое «а» перешло в «а» под ударением, а «к» чередовалось с «х» в разговорной речи. В северных и сибирских говорах «Макар» нередко произносили как «Махар» — так же, как «хто» вместо «кто». Следовательно, предок носителя фамилии с большой вероятностью был Макаром, а фамилию записали на слух, без книжной выверки.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище от тюркского «махар» (ловкий, умелый) или от глагола «махать» (человек, который машет руками, суетится). Однако против этого говорит модель: в русских фамилиях прозвища с суффиксом -ков обычно образуются от уменьшительных форм (Махарко — Махарков), а не напрямую от нарицательного слова. Кроме того, ни в словаре Даля, ни в ономастических работах Унбегауна нет устойчивого прозвища «Махар» со значением «ловкий». Поэтому версия с искажённым именем Макар выглядит убедительнее.

География фамилии подтверждает эту догадку. Махарковы встречаются в основном в Архангельской, Вологодской и Кировской областях — именно там, где «аканье» и замена «к» на «х» в просторечии были нормой. В центральных и южных регионах фамилия почти не зафиксирована. Это говорит о том, что она возникла локально, в крестьянской среде, где фамилии часто записывали не по документам, а со слов самого человека или соседей.

Словообразовательно фамилия прозрачна: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Махарков, то есть сын Махарка). Уменьшительная форма Махарко (от Махар) образована по продуктивной модели (ср. Ивашко, Петрушко). Таким образом, Махарков — это «сын Махарка», а Махарко — разговорный вариант имени Макар. Никакого особого социального статуса или редкого ремесла за фамилией не стоит: предки были обычными крестьянами, чью фамилию записал местный грамотей, не сверившись с церковным написанием.