Фамилия Махатков — редкий пример, где корень угадывается не сразу, а суффикс подсказывает, как именно прозвище превратилось в фамилию. В основе лежит прозвище Махатко. Суффикс -к-о здесь не уменьшительно-ласкательный, а скорее указательный: в украинской и южнорусской традиции так образовывали прозвища от глагольных форм (например, «махать»). Человек по прозвищу Махатко — тот, кто машет, размахивает руками, возможно, торопливый или суетливый. Либо прозвище дали за характерный жест, привычку размахивать при ходьбе или разговоре.

От прозвища Махатко по стандартной восточнославянской модели образовали фамилию Махатков — то есть «сын Махатка». Суффикс -ов указывает на принадлежность, как в тысячах других русских фамилий, но исходная форма на -ко выдает южное или украинское происхождение. В центральных и северных губерниях России такое прозвище скорее превратилось бы в Махаткин, а здесь — именно Махатков.

Вторая, менее очевидная версия: основа могла быть не от «махать», а от диалектного «махатка» — так в некоторых говорах называли небольшую лодку или челнок. Тогда прозвище получал лодочник, перевозчик или тот, кто делал лодки. Эта версия правдоподобна для регионов с развитым речным промыслом, но уступает первой по распространенности: глагольные прозвища встречаются чаще, чем предметные с таким редким значением.

Фамилия редкая, не входит в списки самых частых русских фамилий. Встречается в основном на юге России, в Ростовской области, Краснодарском крае, а также на востоке Украины — там, где говор на -ко был обычным делом. Сословного барьера у неё нет: такую фамилию мог получить и крестьянин, и мещанин, и казак. Дворянских родов Махатковых не зафиксировано.

По звучанию фамилия близка к Маханов, Махаев, Махоткин — все они восходят к той же глагольной основе, но с разными суффиксами. Махатков стоит особняком именно из-за суффикса -атк-, который редко встречается в русских фамилиях и выдает живую разговорную форму прозвища.