Фамилия Махбубий — редкий случай, когда основа не славянская, а тюркско-персидская, а суффикс — русский. Это сразу указывает на территорию, где фамилия могла возникнуть: регионы с долгим татарским или башкирским влиянием, Закавказье, Средняя Азия, а также Северный Кавказ, где русская администрация оформляла местные прозвища в фамилии.

Корень фамилии — арабское слово «махбуб» (محبوب), что значит «любимый, возлюбленный». В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, это слово вошло как личное имя Махбуб или Махбуба (женская форма). Суффикс -ий в фамилии — типичный русский патронимический суффикс, который в XIX веке часто добавляли к иноязычным основам при крещении или записи в метрики. То есть фамилия Махбубий — это русифицированная форма отчества: «сын Махбуба» или «принадлежащий Махбубу».

Модель образования необычна: если бы фамилия формировалась внутри тюркской традиции, она звучала бы как Махбубов или Махбубаев. Суффикс -ий (а не -ов) встречается в фамилиях, образованных от прилагательных или прозвищ с окончанием на мягкий согласный, но здесь он пришит к арабскому корню — это калька с русских фамилий типа «Скорбящий» или «Любящий», только с восточной основой. Вероятно, носитель фамилии или его предок получил прозвище «Махбубий» от окружающих как «тот, кого зовут Махбуб» или как «любимчик», а затем это прозвище закрепилось официально.

Есть и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть у еврейских общин Восточной Европы (ашкеназов), где арабское «махбуб» через идиш или иврит могло трансформироваться в фамилию с суффиксом -ий. Но для этого нет надёжных данных, и география распространения фамилии (единичные записи в Татарстане и Башкортостане) говорит скорее в пользу первой версии.

Социальный контекст: фамилия недворянская, скорее всего, принадлежала крестьянам или городским ремесленникам из татарской или башкирской среды, которые получили фамилию при переписях XIX века. В отличие от массовых -ов/-ев, суффикс -ий здесь — признак более поздней или случайной фиксации, возможно, при переходе из мусульманства в православие.