Фамилия Махфурьянов — редкий случай, когда основа не славянская, а арабская, и попала она в русский язык через тюркское посредничество. В основе лежит арабское имя Махфур (محفور), которое переводится как «выкопанный», «извлечённый из земли». В исламской традиции это имя не было распространённым, но встречалось как прозвище или эпитет, связанный с образом «сокрытого сокровища» или «того, кого достали из-под земли». В переносном смысле — «драгоценный», «редкий».

К имени добавился тюркский патронимический суффикс -ьян, который в русской среде превратился в -ьянов. Такая модель типична для фамилий, возникших у татар, башкир или других тюркских народов Поволжья и Приуралья: суффикс -ьян (или -ян) здесь означает «сын такого-то» (ср. Абдулхан — Абдулханов, но с другими огласовками). Затем фамилию русифицировали окончанием -ов, чтобы она вписалась в русскую грамматику. Таким образом, Махфурьянов буквально — «потомок Махфура».

В отличие от фамилий на -ин или -ский, эта модель (корень + -ьян + -ов) говорит о довольно позднем оформлении — скорее всего, в XIX веке, когда крещёные татары или башкиры получали фамилии по отцу. Если бы фамилия была старомосковской, она звучала бы как Махфуров или Махфурин. Вариант с -ьян выдает регион происхождения: скорее всего, предки носителя фамилии жили на территории современного Башкортостана, Татарстана или Оренбургской области.

Интересно, что имя Махфур в арабском языке имеет однокоренное слово «махфур» — «вырытый», но в тюркской среде оно могло переосмыслиться как «Махфур» (с ударением на последний слог) и даже смешиваться с местными именами, содержащими корень «фур» (от персидского «фурух» — «сияние»). Однако прямая связь с персидским маловероятна: арабская этимология надёжнее, так как имя фиксируется в мусульманских именословах.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были государственными крестьянами или мещанами, реже — купцами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже подтверждает её позднее и «народное» происхождение. Сегодня фамилия встречается крайне редко, в основном у татар и башкир, а также у русских, в чьих родословных были смешанные браки.