Фамилия Махинькова — редкий пример того, как уменьшительно-ласкательная форма имени или прозвища закрепилась в качестве родового именования. В её основе лежит мирское имя Махинькой, которое в старину давали ребёнку не при крещении, а в быту. Смысл этого имени прост и трогателен — «маленький». Так могли называть младшего в семье, позднего или очень хрупкого ребёнка, подчёркивая не столько рост, сколько возраст и положение.

Словообразовательная модель здесь необычна для современных носителей: суффикс -к- в сочетании с окончанием -ой образует полную форму прилагательного, которая в древнерусском языке часто становилась прозвищем. Позже от этой формы возникло притяжательное прилагательное Махинькова — то есть «дочь или жена человека по прозвищу Махинькой». Женский вариант фамилии указывает на то, что в родословной закрепилась именно форма, относящаяся к женщине, что типично для фамилий, передававшихся через женскую линию или зафиксированных в документах о вдовах и дочерях.

Существует и вторая гипотеза, которую ономасты считают не менее правдоподобной. Согласно ей, прозвище Махинькой давали уже взрослому человеку невысокого роста. В говорах слово «махонький» (или «махинький») как раз и значило «крошечный», «маленький ростом». В этом случае фамилия отражает не ласковое домашнее имя, а меткую бытовую характеристику, которая приклеилась к человеку и пережила его самого.

Корень здесь тот же, что и в словах «махать», «мах» — изначально он обозначал движение, взмах, но в диалектах приобрёл переносное значение «нечто малое». Родственными фамилиями можно считать Махоньков, Махин, Махоткин — все они образованы от одних и тех же диалектных основ, но с разными суффиксами. Фамилия Махинькова встречается преимущественно в центральных и южнорусских регионах, где говоры сохраняли формы с мягким -хиньк-.

Отдельного упоминания заслуживает написание: в дореволюционных метрических книгах можно встретить варианты Махинькая и Махинькова в зависимости от того, как писарь передавал на письме живую речь. Сословной принадлежности фамилия не несёт — её могли носить и крестьяне, и мещане, поскольку прозвище возникло в народной среде. Известных исторических личностей с этой фамилией ономастические справочники не выделяют, что типично для фамилий, образованных от внутрисемейных имён, — они редко попадали в летописи, но бережно сохранялись в устной традиции.