Фамилия Махинько ведет начало от прозвища Махиня, которое восходит к украинскому слову «махиня» — так обозначают большой, громоздкий предмет. По отношению к человеку это слово означало «высокий», «мощный», «плотный, крепкий». Прозвище указывало на внешние особенности предка: крупный рост, силу, дородность. Позже прозвище Махиня, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах.

Фамилия образована по типичной для украинской ономастики модели: к основе Махинь- добавлен суффикс -ко, который в украинском языке выполнял функцию уменьшительности и одновременно указывал на принадлежность к роду. Буквально Махинько можно понять как «сын Махини» или «младший из рода Махинь». Такая модель активно работала в Поднепровье, на Слобожанщине и Левобережной Украине, где фиксация фамилий через патронимический суффикс -енко/-ко стала массовой уже в XVI–XVII веках.

Стоит отметить, что прозвище Махиня бытовало не только в Украине. В русских говорах слово «махина» также означало нечто огромное, и от него образовались фамилии Махин, Махинин. Украинская форма Махинько — это региональный вариант той же прозвищной основы, но с характерным для украинской традиции суффиксом. Родственными по корню можно считать фамилии Махиненко, Махиня, Махинь.

Поскольку прозвище отражало внешность, а не занятие или социальный статус, носители фамилии могли принадлежать к разным сословиям: среди казаков, крестьян и мещан встречались люди с таким прозванием. Точных сведений о знаменитых исторических личностях с фамилией Махинько нет, однако это не умаляет ценности фамилии как маркера семейной истории. Сегодня фамилия встречается преимущественно в Украине и в южнорусских областях, куда переселялись украинцы в XVIII–XIX веках.