Фамилия Махитко звучит нехарактерно для русского уха — и это подсказка. Она явно украинская или белорусская по происхождению, и сразу бросается в глаза её модель: суффикс -к-о. В восточнославянской ономастике этот суффикс — один из главных маркеров украинских фамилий (сравните: Шевченко, Бойко, Ковалько). Он указывает на уменьшительность или принадлежность, а в фамилиях часто закреплял прозвище или именование по отцу.

Основа — Махит. Здесь возможны два равноправных объяснения. Первое: от украинского слова «махіт» — так в некоторых говорах называли ловкого, проворного человека, того, кто «махає», то есть быстро работает руками или двигается. Второе: от личного имени Махіт — варианта крестильного имени Матфей (в народной форме Махтей) или, реже, Макарий. В украинской среде имена часто усекали и добавляли суффиксы: Махіт — уменьшительное от Махтей, а Махитко — уже «маленький Махіт» или сын Махита.

Фамилия редкая. Встречается преимущественно на западе Украины (Волынь, Подолье) и в приграничных районах Беларуси. В России её носители — почти всегда потомки переселенцев конца XIX — начала XX века. Сословного барьера у фамилии не было: Махитко мог быть и крестьянином, и казаком, и мещанином — суффикс -к-о в украинских фамилиях не привязан к знатности.

Если отталкиваться от прозвищной версии, предок-носитель фамилии был расторопным, энергичным человеком — «махіт». Если от имени — то его отца звали Махіт (Матфей), и сына прозвали Махитко. Обе версии логичны, но вторая надёжнее: фамилии на -к-о чаще образовывались именно от личных имён, а прозвище «махіт» — довольно позднее и локальное слово.