Фамилия Махитаров — редкий случай, когда происхождение почти прозрачно, но требует небольшого лингвистического переключения. Она образована от личного имени Махитар, которое пришло в русский язык из армянского. В основе лежит армянское слово «махит» — «чистый», «непорочный», «святой». Имя Махитар (Мхитар) в армянской традиции — аналог греческого имени Клемент или латинского Бенедикт, то есть «благословенный», «милостивый». Соответственно, Махитаров — это потомок человека по имени Махитар.

Модель образования здесь нерусская. Если бы фамилия формировалась по славянскому образцу, мы бы увидели Махитаров — от имени Махитар плюс патронимический суффикс -ов, что буквально означает «сын Махитара». Но дело в том, что в русском языке такой суффикс обычно присоединяют к основам, оканчивающимся на согласный, а имя Махитар заканчивается на -р, что для русского уха звучит естественно. Однако по правилам русской ономастики, если бы имя было исконно славянским, фамилия звучала бы как Махитаров. Но в реальности у носителей фамилии часто встречается вариант Махитарян или Махитарянц — это уже прямое армянское образование с суффиксом -ян (родовой). Форма на -ов — это результат русификации, когда при переписи населения или в документах армянскую фамилию адаптировали к русской модели, заменив -ян на -ов.

Географически фамилия Махитаров сосредоточена в регионах со значительной армянской диаспорой: в Краснодарском и Ставропольском краях, в Ростовской области, а также в Москве и Санкт-Петербурге. В Армении преобладает форма Мхитарян, а форма Махитаров встречается реже и почти всегда указывает на то, что предки носителя жили на территории Российской империи или СССР, где происходила адаптация фамилий под русскую грамматику.

С точки зрения социального контекста, фамилия не указывает на дворянское происхождение или принадлежность к конкретному сословию. Она просто фиксирует родовое имя. Единственная деталь, которая выделяет эту фамилию среди десятков других армянских фамилий на -ов, — это сохранение полной формы имени Махитар, а не сокращённой (Мхитар). В разговорной речи имя часто усекали, но в фамилии закрепился полный вариант, что говорит о довольно поздней фиксации (XIX — начало XX века), когда документы уже вели грамотные писцы.