Фамилия Махнытко звучит на украинский лад и, скорее всего, имеет южное или западное происхождение. Её сердцевина — суффикс -к(о), который в украинской ономастике выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин: он превращает прозвище или имя в фамилию, обозначая потомка. В данном случае суффикс стоит в сложной форме -ытк(о), что характерно для фамилий, образованных от глагольных основ или уменьшительных форм.

Корень Махн- восходит к глаголу «махати» (махать). В прямом смысле «махнути» — сделать резкое движение рукой. Но в прозвищах это слово приобретало переносные значения. «Махни́» или «Махно́» — так могли назвать человека суетливого, размашистого в жестах, либо, наоборот, того, кто работает быстро, «одним махом». В украинских говорах «махнути» означало также «ударить» или «хлестнуть», поэтому прозвище могло закрепиться за драчуном или за спорщиком.

Самая известная параллель — фамилия батьки Махно (Нестора Махно). Однако фамилия Махнытко не является прямой производной от имени исторической фигуры. Скорее, она образована от той же основы, но с другим суффиксальным оформлением. Форма Махныт (или Махныта) могла быть личным прозвищем: «Махныта» — человек с характерной манерой махать руками при ходьбе или в работе. Суффикс -ыт- придаёт слову оттенок носителя признака (сравните: «крутыта» — крутой человек, «гнилыта» — гнилой). Затем к этой основе добавили фамильный суффикс -к(о), получив «Махнытко» — буквально «потомок Махныты».

Географически фамилия привязана к центральной и восточной Украине, а также к южным областям России (Кубань, Ростовская область), куда переселялись украинские крестьяне. В польских и белорусских метриках эта фамилия почти не встречается — её южнорусская огласовка (с твёрдым «ы» после «х») указывает на украинскую языковую среду.

Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане. В реестрах Войска Запорожского XVII–XVIII веков встречаются прозвища «Махно», «Махненко», но форма «Махнытко» — более поздняя, XIX века, когда прозвища окончательно закрепились как наследственные фамилии. Если ваш предок носил её, он, скорее всего, был человеком подвижным, энергичным, может быть, вспыльчивым — именно такие черты и запечатлело слово «махнути».