Фамилия Махненко — типичный пример украинской семейной ономастики, построенной по модели «имя отца + суффикс -енко». Такой способ словообразования в XVI–XVII веках закрепился на землях современной Центральной и Левобережной Украины и буквально означал «сын такого-то» или «потомок такого-то». Поэтому Махненко — это «сын Махна», где Махно — не самостоятельное имя, а уменьшительно-ласкательная форма, которую в быту давали мужчинам с именами, начинающимися на «Ма-».

Чаще всего за этим прозвищем стояло одно из двух крестильных имён: Макар (от греческого «макариос» — блаженный, счастливый) или Матвей (древнееврейское «Матфей» — дарованный Богом). В повседневной речи, особенно в сельской среде, полные имена резали и перекраивали: Макар легко превращался в Махна, Матвей — в Махтея, а затем и в Махна. Иногда основой могло стать и редкое имя Мануил, но версия с Макаром или Матвеем выглядит правдоподобнее: оба имени были широко распространены, а их краткие формы часто путались в документах из-за схожего звучания.

Суффикс -енко в этой фамилии — не просто грамматическая деталь. Он указывает на регион происхождения рода: такие фамилии массово фиксировались в реестрах запорожского казачества и переписях Гетманщины. К концу XVIII века, когда Российская империя ввела обязательные фамилии для всех сословий, форма на -енко уже прочно закрепилась за украинскими землями и распространилась дальше — на Дон, Кубань и в южнорусские губернии вместе с переселенцами.

Любопытно, что фамилия сохранила архаичное ударение и произношение, которое отсылает к прозвищной, а не к официальной форме имени. Если бы предка звали просто Макар, фамилия звучала бы как Макаренко или Макаров. Вариант Махненко говорит о том, что в семье или в селе человека знали именно под ласковым домашним прозвищем — и это прозвище оказалось настолько устойчивым, что пережило несколько столетий.

Встречаются и родственные фамилии: Махно, Махнов, Махонький, Махнач. Они образованы от того же корня, но разными суффиксами, что отражает разные исторические пласты: где-то закрепилась чистая форма прозвища, где-то — русский патроним на -ов. Махненко же остаётся самым «украинским» вариантом в этом ряду.

Точных сведений о древности конкретного рода Махненко нет — фамилия не принадлежала знати и не фиксировалась в родословных книгах. Но это типичная фамилия казацкой старшины, мещан или зажиточных крестьян, чьи потомки разошлись по всей Украине и далеко за её пределами. Сегодня она встречается и в России, и в Беларуси, и в диаспоре, но почти всегда указывает на украинские корни предков.