Фамилия Махненко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от имени Махно. Имя Махно является производной формой одного из мужских имен, начинающихся с Ма-: Макар (в переводе с греческого – «блаженный, счастливый»), Матвей (в переводе с древнееврейского – «дарованный богом») и т.д. Поэтому Матеенко буквально понималось как «сын Махно».