Фамилия Махнинов образована по простой и распространенной модели: к основе прибавили суффикс -ов, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?»). В данном случае — «сын Махнина». Но что скрывается за основой «Махнин»? Здесь возможны два основных пути, и оба ведут к прозвищам, а не к крестильному имени.

Первый и самый вероятный вариант: основа восходит к диалектному глаголу «махнуть» или существительному «махня». В русских говорах «махня» — это не только действие, но и предмет: что-то болтающееся, висящее (например, рукав, пола одежды). Прозвище Махня могли дать человеку с размашистой, неуклюжей походкой или тому, кто носил длинную, не по росту одежду. В таком случае Махнинов — потомок человека, которого окрестили за внешнюю особенность.

Вторая версия, менее распространенная, но логичная: связь с украинским или южнорусским словом «махно» — так в некоторых регионах называли мохнатого, лохматого человека или даже домового. Эта версия интересна тем, что фамилия Махнинов может быть отдаленным «родственником» знаменитой фамилии Махно (батька Нестор Махно). Разница лишь в суффиксе: Махно — это чисто украинская форма (без суффикса), а Махнинов — обрусевшая версия с добавлением русского -ов. Вполне возможно, что предки носителя фамилии были выходцами с юга, из малороссийских губерний, где прозвище Махно было ходовым.

Суффикс -ин в промежуточной форме «Махнин» указывает на то, что первичное прозвище (Махня или Махно) сначала оформилось как фамилия на -ин (по типу «чей сын?» — Махнин), а затем, при адаптации в великорусской среде, к ней добавили ещё один, более привычный суффикс -ов. Подобные «двойные» суффиксы встречаются у фамилий, которые переходили из одной диалектной зоны в другую. Таким образом, фамилия Махнинов — это не просто «сын Махни», а свидетельство миграции и языкового смешения: украинское или южнорусское прозвище «обросло» северным суффиксом.