Фамилия Махнин — это русская фамилия, в основе которой лежит личное имя или прозвище. Если коротко: её образовали от имени Махно, которое было распространённой уменьшительной формой таких имён, как Макар («блаженный, счастливый» по-гречески) или Матвей («дарованный богом» с древнееврейского). Так что первый носитель фамилии, скорее всего, был сыном или потомком человека по имени Махно.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: суффикс -ин прибавляли к основе, оканчивающейся на гласный. Так из имени Махно получили притяжательное прилагательное «Махнин», то есть «чей?» — сын Махно. Со временем эта форма закрепилась как фамилия и передавалась уже по наследству, независимо от того, как звали самого носителя.

Есть и вторая версия, которую нельзя сбрасывать со счетов. В некоторых говорах прозвище Махоня означало маленького, невысокого человека. Если предположить, что в основе лежит именно оно, то фамилия Махнин изначально несла характеристику внешности предка. Эта гипотеза правдоподобна, но всё же уступает первой: имена Макар и Матвей были очень распространены, а их сокращённые формы вроде Махно встречались в народной среде повсеместно. Поэтому версия с именем выглядит более убедительной.

Интересно, что фамилия Махнин — не единственная, образованная от этой основы. Однокоренные Махнов, Махонькин, Махонин могли возникнуть независимо в разных семьях, что говорит о широкой популярности исходного имени или прозвища в прошлом.

Точное время и место возникновения фамилии Махнин назвать сложно: русские фамилии формировались на протяжении нескольких столетий, и крестьянские семьи получали их позже, чем дворянские, нередко только в XIX веке. Но сама фамилия — живой памятник славянской письменности и культуры, сохранивший в себе и древнее имя, и особенности народной речи.