Фамилия Махнинова — женская форма фамилии Махнинов, которая образована по редкой словообразовательной модели. В русских фамилиях суффикс -ин обычно присоединяется к основам на -а/-я (Кузьма — Кузьмин, Илья — Ильин). Здесь же основа «Махн» (а не «Махна») дала суффикс -ов, но с последующим -ин, что встречается нечасто. Такой вариант мог возникнуть в говорах, где путали патронимические суффиксы, или как искусственная канцелярская запись при переписи.

Сама основа восходит к прозвищу или неканоническому имени Махна́. В русских говорах «махна» — это мохнатый, лохматый человек, либо предмет с бахромой, кистями. Прозвище могли дать за густые волосы, бороду или неопрятный вид. В украинском и южнорусском диалектах «махна» — ещё и название растения (ковыль, полынь), но для прозвища первично всё же значение «лохматый».

Мужская форма Махнинов — патроним, то есть «сын Махны» (с дополнительным суффиксом -ов, как бы «Махнин сын», но с удвоением суффикса). Встречается такая модель у фамилий из северных и центральных областей России, где иногда говорили «Иванов сын» вместо «Иванов», а затем переосмыслили как фамилию.

Фамилия редкая. Если искать однокоренные, то Махнин, Махнаев, Махно встречаются чаще. Фамилия Махнинов могла закрепиться в конкретном роду, где прозвище Махна передавалось как родовое имя, а затем оформилось в фамилию с двойным суффиксом. Точно сказать, кем были предки — крестьянами, казаками или мещанами — без генеалогического исследования сложно, но прозвище указывает на бытовую, а не книжную или церковную среду происхождения.