Основой фамилии Махнов послужило имя Махно. Фамилия Махнов, скорее всего, образована от имени Махно – украинской производной формы одного из мужских имен, начинающихся с Ма-: Макар (в переводе с греческого – «блаженный, счастливый») или Матвей (в переводе с древнееврейского – «дарованный богом»). Также нельзя исключать возможность происхождения фамилии Махнов от прозвища Махоня, то есть маленький, невысокий человек. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Махно, со временем получил фамилию Махнов.