Фамилия Махнин отвечает на вопрос «чей?» и указывает на родство: так называли сына, внука или более дальнего потомка человека по имени Махно. А вот само это имя — штука неоднозначная, и тут есть как минимум две равноправные версии, и обе имеют право на жизнь.

Первая и самая распространённая: Махно — это уменьшительно-ласкательная форма крестильных имён Макар (по-гречески — «блаженный, счастливый») или Матвей (с древнееврейского — «дарованный богом»). В народной среде такие сокращения были обычным делом: длинное и торжественное церковное имя в быту резали до короткого и удобного. Отсюда же пошли и родственные фамилии — Махин, Махонькин, Махоткин.

Вторая версия отталкивается от прозвища Махоня. В некоторых говорах так называли маленького, невысокого человека, «махонького». Если прозвище закрепилось за человеком при жизни, то его дети вполне могли стать Махниными — уже без всякой связи с церковным календарём.

Какая версия правдоподобнее? Скорее всего, работали обе модели одновременно, но в разных семьях. Имя Махно действительно фиксируется в старых документах как самостоятельное, и от него образовывали отчества. При этом прозвищная основа с оттенком «маленький» тоже очень живуча. В каждом конкретном случае ответить наверняка уже невозможно — слишком мало письменных следов оставили простые люди до XVIII–XIX веков, когда фамилии начали массово закрепляться.

Сама модель с суффиксом -ин типична для северных и центральных русских земель: она отвечает на вопрос «чей» и показывает принадлежность к роду. Махнин — это буквально «сын Махны». Фамилия не слишком частая, но и не редкая: она встречается и в Поволжье, и на Урале, и в Сибири — там, куда переселенцы уносили свои прозвища и имена.

Любопытно, что фамилия Махнин не имеет никакого отношения к знаменитому батьке Махно — Нестору Ивановичу. Его фамилия украинская, с другим суффиксом и другой историей, а путаница возникает только из-за созвучия с именем-основой. Так что если вы Махнин, ваши предки могли быть и блаженными Макарами, и дарованными богом Матвеями, и просто людьми небольшого роста — но в любом случае род их прослеживается через короткое, ёмкое имя Махно.