Основой фамилии Махнин послужило имя Махно. Фамилия Махнин, скорее всего, образовано от имени Махно – производной формы одного из мужских имен, начинающихся с Ма-: Макар (в переводе с греческого – «блаженный, счастливый») или Матвей (в переводе с древнееврейского – «дарованный богом»). Также нельзя исключать возможность происхождения фамилии Махнин от прозвища Махоня, то есть маленький, невысокий человек. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Махно, со временем получил фамилию Махнин.