Основой фамилии Махнюков послужило имя Махно. Имя Махно является украинской производной формой одного из мужских имен, начинающихся с Ма-: Макар (в переводе с греческого – «блаженный, счастливый»), Матвей (в переводе с древнееврейского – «дарованный богом») и т.д. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Махно, со временем получил фамилию Махнюков.