Фамилия Махныткина — женская форма мужской фамилии Махныткин. Она образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Махныткин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Махнытка.

В основе фамилии лежит прозвище Махнытка. Скорее всего, оно связано с диалектным глаголом «махнуть» — махать, размахивать, или с существительным «мах» (взмах). На юге России и в Украине «махнуть» могло означать «ударить», «стукнуть». Поэтому Махныткой могли прозвать человека с резкими, размашистыми движениями, непоседливого, суетливого, либо, наоборот, того, кто любил прихвастнуть, «махнуть» лишнего в разговоре.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: прозвище могло произойти от украинского или белорусского слова «махно» — мохнатый, лохматый. В таком случае Махнытка — это уменьшительно-ласкательная форма: «лохматый человек» или «тот, кто похож на Махно» (сравните с фамилией батьки Махно, хотя его прозвище имеет другую этимологию — от уменьшительного от имени Максим). Однако связка с глаголом «махать» выглядит более прямой.

Модель на -ыткин встречается реже, чем на -ов/-ев, и часто указывает на западнорусское или украинское происхождение. Уменьшительный суффикс -ытк- в прозвищах характерен для говоров, где активно использовались экспрессивные формы имён (ср. Малютка, Крохотка). Таким образом, Махныткины могли происходить из крестьянской или мещанской среды, где прозвища давались по поведению или внешности.

О точной географии фамилии сказать сложно — она встречается рассеянно, без ярко выраженного ареала. Это говорит о том, что фамилия возникла в нескольких местах независимо, от разных носителей одного прозвища.