Фамилия Махнаткина — женская форма, а мужская, Махнаткин, образована по типичной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Махнаткин буквально значит «сын Махнатки» или «человек из семьи Махнатки». Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Махнатка.

Ключ к происхождению — слово «махнатый» или «мохнатый». В русских говорах «махнатый» значило «лохматый», «косматый», «обросший шерстью». Прозвище Махнатка могли дать человеку с густыми волосами, бородой или неопрятной шевелюрой. Но возможен и другой, более конкретный смысл. В некоторых диалектах «махнаткой» называли варежку или рукавицу из овчины — мехом наружу. Тогда прозвище могло закрепиться за тем, кто шил или продавал такие рукавицы, либо за человеком, который их постоянно носил.

Фамилия Махнаткин — не самая частая, но и не уникальная. Её однокоренные «родственники» — Махнатов, Махначёв, Махнаткин, Махнач. Все они восходят к тому же корню «махн-» (вариант «мохн-»). Интересно, что фамилия могла возникнуть в разных регионах независимо: в северных и центральных губерниях, где слово «махнатый» было в ходу, и в южных, где «мохнатый» произносили с другим оттенком.

Географически Махнаткины встречаются в России не повсеместно, но заметны в Поволжье и некоторых областях Центральной России. Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и мещане, и даже священники (в среде духовенства прозвищные фамилии тоже встречались, хоть и реже). Точных данных о дворянском происхождении нет — скорее всего, это фамилия крестьянская или посадская.

Если коротко: предок нынешних Махнаткиных получил прозвище за внешность (лохматость) или за ремесло (изготовление рукавиц-махнаток). Со временем прозвище закрепилось за детьми как фамилия, и через суффикс -ин превратилось в Махнаткин.