Фамилия Махнатая звучит непривычно для уха, привыкшего к фамилиям на -ов и -ин. Её форма — типично женская, с окончанием -ая, что сразу указывает на её происхождение: это застывшая форма прилагательного в именительном падеже. Такие фамилии характерны для южных и восточных регионов России, особенно для украинского и донского казачества, а также для некоторых районов Беларуси. В мужском варианте фамилия будет звучать как Махнатый.

Основа фамилии — прилагательное «махнатый», то есть «мохнатый», «покрытый шерстью», «лохматый». В старину это слово имело более широкое значение: так могли назвать человека с густыми, торчащими волосами или бровями, либо того, кто носил косматую, неопрятную одежду. Прозвище Махнатый давали не столько в насмешку, сколько по характерной внешней примете — как, например, фамилии Лохматов или Кудрявцев. Однако в говорах существовал и переносный смысл: «махнатым» иногда называли медведя, и прозвище могло отражать грубоватый, угрюмый нрав человека.

Словообразовательная модель здесь проста: от прозвища Махнатый образована фамилия путём адъективного склонения. В русской ономастике такие фамилии считаются более древним пластом, чем фамилии на -ов, и часто фиксировались у крестьян и казаков, не имевших устойчивой родовой фамилии вплоть до XIX века. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно встретить записи вроде «казак Иван Махнатый», где прозвище выступало в роли фамильного имени.

Интересно, что фамилия Махнатая не имеет отношения к знаменитому батьке Махно — его фамилия происходит от уменьшительной формы имени Максим (Махно), а не от прилагательного «мохнатый». Это два разных корня, которые случайно созвучны. Встречаемость фамилии Махнатая невысока, она локализована в основном в южнорусских областях и на Украине, где сохранилась старая модель фамилий-прилагательных.