Фамилия Манаткин образована от прозвища или нецерковного имени Манатка, а оно, в свою очередь, — от диалектного слова «манатка». В южнорусских и украинских говорах так называли вид верхней одежды, что-то вроде плаща или накидки, часто из грубой домотканой материи. Слово «манатья» или «манатки» означало также «тряпье», «ветхое платье», а в переносном смысле — «бедняк», «неопрятный человек». Таким образом, основа фамилии указывает либо на род занятий предка (например, портной, торговавший дешёвой одеждой), либо на его внешность или имущественное положение.

Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я: Манатка → Манаткин. Модель простая: сначала возникло уличное прозвище, которое закрепилось за главой семьи, а затем передалось детям как наследственное имя. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии часто фиксировали в среде крестьян и посадских людей, где прозвище могло отражать характерную деталь быта.

Интересно, что слово «манатки» в значении «пожитки» или «одежда» сохранилось в русских говорах до XX века — отсюда выражение «собрать свои манатки». В этом смысле фамилия Манаткин могла принадлежать человеку, которого прозвали так за привычку таскать с собой много вещей или за небрежный вид. Других версий, например связи с тюркскими корнями или географическими названиями, для этой фамилии нет — она очевидно славянская по происхождению.

Географически фамилия встречается в центральных и южных областях России, а также на Украине, что совпадает с ареалом бытования слова «манатка». В переписях XIX века Манаткины чаще всего числились крестьянами и мещанами, без привязки к дворянским родам. Сегодня фамилия редкая, но не исчезнувшая: её носители живут в разных регионах, и значение прозвища уже стёрлось, оставив лишь фамильный отпечаток.