Фамилия Маматкин образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Маматкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Маматка. Основа здесь — не полное имя, а уменьшительная или пренебрежительная форма.

Корень фамилии — «мамат-», который восходит к тюркскому имени Мамат. Это один из вариантов имени Мухаммад (Магомед), широко распространённого у татар, башкир и других народов Поволжья и Средней Азии. В русской среде такие имена нередко адаптировались через просторечные формы: Мамат, Маматка. Соответственно, Маматкин — это человек из рода Маматки.

Версия о происхождении от русского слова «мама» или «мамка» маловероятна: суффикс -к- в прозвище Маматка мог бы указывать на уменьшительность, но в русской ономастике сложно найти устойчивое прозвище «Мамка» с таким суффиксом, которое бы дало фамилию. Куда логичнее тюркский след: фамилия могла возникнуть в районах активного русско-татарского контакта — в Казанской, Симбирской, Оренбургской губерниях. Там же встречаются однокоренные фамилии: Маматов, Маматович.

С точки зрения социального статуса, Маматкины — скорее всего, крестьянский или мещанский род. Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от прозвищ или имён, и встречается у всех сословий, но без дворянской приставки или -ский указывает на непривилегированное происхождение. Точных данных о сословной принадлежности конкретных носителей нет, но по модели фамилия вписывается в массу рядовых русских фамилий тюркского корня, которые появились в XVI–XVII веках при оформлении крестьянских прозвищ в документах.