Фамилию Маматкова обычно объясняют двумя способами, и оба ведут в разные стороны. Первая версия — от нарицательного «мама». Фамилию могли дать человеку, которого воспитывала одна мать, без отца. Такие прозвища — Мама, Мамат — в старину давали не в насмешку, а по семейному положению или обстоятельствам рождения. Вторая версия — географическая. В Восточной Сибири течёт река Мама, левый приток Витима. Человек, живший на её берегу, мог получить прозвище Мамат, а его потомки — фамилию Маматковы. Оба объяснения имеют право на жизнь, но второе подкрепляется тем, что фамилия встречается в сибирских регионах чаще, чем в средней полосе.

Словообразовательная модель здесь прозрачная: основа «Мамат» плюс суффикс -к- (уменьшительный или принадлежностный) и фамильный суффикс -ов. Получается «Маматков» — сын или потомок Мамата. Суффикс -к- в прозвищах и неканонических именах — явление обычное для русской ономастики XVI–XVII веков.

Точное место и время возникновения рода Маматковых без генеалогического исследования не установить. Скорее всего, фамилия сложилась не раньше XVII века, когда начали массово закрепляться прозвищные фамилии у крестьян и посадских людей. Дворянских ветвей с такой фамилией в родословных книгах не отмечено, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение большинства носителей.