Фамилия Маматкожоева происходит из тюркоязычного мира, скорее всего, из киргизской или южноказахской среды. Её основа — сложное имя Маматкожо, где первая часть «Мамат» — это местный диалектный вариант имени Махмуд (реже — производное от «мама», что в тюркских языках означает «отец», но в именах чаще встречается именно арабское корневое значение «хвалимый»). Вторая часть «кожо» (или «ходжа») — почётный титул, восходящий к персидскому «хваджа» — «господин», «наставник», «хозяин». В Средней Азии так называли потомков пророка Мухаммеда или просто уважаемых людей, знатоков ислама. Таким образом, имя Маматкожо буквально означало «Махмуд-ходжа» — двойное имя, подчёркивающее религиозный и социальный статус носителя.

Суффикс «-ев» в фамилии Маматкожоева — типичный для русской адаптации тюркских фамилий. В оригинале, в киргизском языке, фамилия звучала бы как Маматкожоев (с ударением на последнем слоге) или просто Маматкожо уулу («сын Маматкожо»). При записи в российских документах XIX–XX веков к основе добавили русский патронимический суффикс «-ев», что превратило отчество в фамилию. Окончание «-а» указывает на женский род, то есть перед нами форма для женщины; мужской вариант — Маматкожоев.

Географически фамилия привязана к Кыргызстану, особенно к южным регионам — Ошской, Джалал-Абадской областям, где сильно влияние исламской традиции и распространены имена с компонентом «кожо». Встречается она и среди узбеков, живущих в приграничных районах. Социально предки носителя фамилии, скорее всего, принадлежали к духовному сословию или к зажиточным крестьянским семьям, которые дорожили родством с ходжами. Сама фамилия — не прозвище по ремеслу, а указание на происхождение от конкретного предка, носившего почётное имя.

С точки зрения словообразования, это редкий случай, когда в основе лежит не одно, а два полнозначных корня, слитых в единое имя. Подобные двусоставные антропонимы характерны для исламизированных тюркских культур, где стремились соединить арабское имя с местным титулом. Сравните с фамилиями Маматкулов, Кожоматов — все они построены по тому же принципу, но Маматкожоева стоит особняком, так как в ней оба элемента равноправны, а не один является суффиксом.