Фамилия Манакин — одна из тех, где угадывается сразу две версии происхождения, и обе имеют право на жизнь. Корень здесь — имя или прозвище Манака, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Манакин, то есть сын или потомок Манаки.

Первая версия отсылает к крестильному имени Мануил (церковная форма Иммануил). В переводе с древнееврейского оно означает «с нами Бог». В быту имя Мануил часто сокращали до Манаки — так на Руси образовывали множество уменьшительных форм. По этой логике Манакин — потомок человека по имени Мануил.

Вторая версия менее очевидна, но не менее интересна. Она связывает прозвище Манака со словом «манатья» — так в древнерусском называли монашеское одеяние. Если прозвище пошло оттуда, то Манакой могли назвать монаха или, напротив, человека, который не устоял перед мирскими соблазнами и как бы «снял рясу». В этом случае фамилия несёт оттенок прозвищного переосмысления.

В исторических документах фамилия встречается рано. С. Веселовский упоминает: Манак Григорий, крестьянин, 1545 год, Новгород; Иван Злобин Манаков, 1596 год, Смоленск. А также помещики Манаковы, конец XVI века, Вотская пятина. Обратите внимание: в этих записях форма Манаков, а не Манакин. Это не ошибка — суффикс -ов в русских фамилиях так же продуктивен, как -ин, и обе формы могли сосуществовать. Манакин — вариант, закрепившийся в одной из ветвей рода.