Фамилия Манакин восходит к имени Манака, которое представляет собой разговорную форму мужского крестильного имени Мануил (Иммануил). Это имя в переводе с греческого означает «с нами Бог». Согласно другой гипотезе, фамилия Манакин образована от прозвища Манака, которое связано с древнерусским словом «манатья» - «одеяние монаха». Соответственно, такое прозвище могли дать и монаху. В этом случае Манака – человек, не способный устоять перед соблазнами. Веселовского упоминаются: Манак Григорий, крестьянин, 1545 г., Новгород; Иван Злобин Манаков, 1596 г., Смоленск; Манаковы, помещики, конец XVI в., Вотская пятина. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Манака, со временем получил фамилию Манакин.