Фамилия Манаковская — женская форма, но её корень мужской: образована от отчества или прозвища Манак через типичный для польской и западнорусской знати суффикс -овский/-евский. Исходное прозвище Манак — предмет спора ономастов, и вот главные версии.

Первая и самая надёжная: Манак — это народная, разговорная форма крестильного имени Мануил (Иммануил). Иммануил в переводе с греческого значит «с нами Бог». Церковь чтит мученика Мануила, пострадавшего за веру вместе с Феодосием в 304 году в Сирии. В быту имя быстро сократили до Манак, как Маню или Маня — отсюда и пошли Манаковы, а затем и Манаковские.

Вторая версия — от украинского слова «мана», то есть «наваждение», «обман», «морок». В этом случае Манаком могли прозвать человека, который легко поддавался соблазнам или, наоборот, сам морочил голову другим. Версия менее распространённая, но имеет право на существование: прозвищные фамилии на Руси не редкость.

Исторические записи подтверждают, что фамилия Манаков (а значит, и её производная Манаковская) бытовала с XVI века. В. Веселовский в своём ономастиконе упоминает: Манак Григорий, крестьянин, 1545 год, Новгород; Иван Злобин Манаков, 1596 год, Смоленск; а также Манаковы — помещики конца XVI века в Вотской пятине. Это говорит о том, что носители фамилии встречались и среди крестьян, и среди служилых людей.

Форма Манаковская — типично польская или шляхетская модель: суффикс -ский указывал на принадлежность к месту или роду. В русской традиции такие фамилии чаще закреплялись за дворянством или духовенством. Поэтому потомок Манака, получив прозвание Манаковский (а его жена или дочь — Манаковская), скорее всего, принадлежал к мелкопоместной шляхте или священническому сословию.