Фамилия Манаков в большинстве случаев происходит от имени Манак — разговорной формы крестильного имени Мануил (Иммануил). Имя Иммануил переводится с греческого как «с нами Бог», а его небесным покровителем считается мученик Мануил, пострадавший за веру в 304 году в Сирии вместе с Феодосием. По этой модели от сокращённых обиходных форм образовывали фамилии на -ов, и Манаков — типичный пример: «чей?» — Манаков, то есть сын или потомок Манака.

Однако есть и другая версия, менее распространённая, но примечательная. Согласно ей, прозвище Манак связано со словом «менакер» из идиш — так называют человека, который удаляет из мяса запрещённый в пищу жир и вены. Если это так, то прозвище могло закрепиться за тем, кто не мог устоять перед соблазнами, или, наоборот, за человеком, выполнявшим такую работу. Эта версия объясняет фамилию не через церковное имя, а через ремесло или бытовую характеристику, что встречается реже, но тоже правдоподобно.

Исторические документы подтверждают, что фамилия существовала уже в XVI веке. В работах С. Веселовского упоминаются: Манак Григорий, крестьянин, 1545 год, Новгород; Иван Злобин Манаков, 1596 год, Смоленск; а также Манаковы, помещики конца XVI века в Вотской пятине. Эти записи показывают, что фамилия бытовала и среди крестьян, и среди служилых людей, причём в разных регионах — от новгородских земель до смоленских.

Обратите внимание на суффикс -ов: он указывает на принадлежность, то есть фамилия образована от имени или прозвища отца. В данном случае основа — Манак, а не Мануил целиком. Такая модель (стяжение имени до первых слогов) типична для русских фамилий: вспомните Минаков от Мина, Фадеев от Фаддей. Манаков стоит в одном ряду с ними, и это помогает отличить её от фамилий с похожим звучанием, но другим корнем — например, Монаков, где основа может быть связана с «монах».