По одной из версий, фамилия Манаков восходит к имени Манак, которое представляет собой разговорную форму мужского крестильного имени Мануил (Иммануил). Иммануил в переводе с греческого означает «с нами Бог». Святым покровителем этого имени считался мученик Мануил, который вместе с Феодосием пострадал за веру во Христа в 304 году в Сирии. Согласно другой гипотезе, фамилия Манаков образована от прозвища Манак, которое связано со словом «менакер», что в переводе с идиш означает «человек, который выбирает запрещённый в пищу жир и вены из мяса». В этом случае Манак – человек, не способный устоять перед соблазнами. Веселовского упоминаются: Манак Григорий, крестьянин, 1545 г., Новгород; Иван Злобин Манаков, 1596 г., Смоленск; Манаковы, помещики, конец XVI в., Вотская пятина. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Манак, со временем получил фамилию Манаков.