Фамилия Манакины — одна из тех, где за привычным суффиксом -ин может скрываться не только имя, но и прозвище. В основе лежит имя или прозвище Манака, а сама фамилия образовалась по стандартной русской модели: к основе добавили суффикс принадлежности -ин, означающий «чей-то, из рода кого-то». Проще говоря, Манакины — это «дети Манаки».

Сразу две версии объясняют, откуда взялось это имя. Первая ведет к церковному имени Иммануил (в бытовом произношении — Мануил). В переводе с древнегреческого оно значит «с нами Бог». Манака в этом случае — простонародная, сокращенная форма, вроде Саша от Александр. Вторая версия интереснее: она выводит прозвище из древнерусского слова «манатья» — монашеское одеяние. Если так, то Манакой могли прозвать монаха, а с оттенком иронии — человека, который не устоял перед мирскими соблазнами, то есть «расстригу» или просто грешника.

В исторических документах эта фамилия встречается с XVI века. Историк Степан Веселовский упоминает крестьянина Манака Григория (1545 год, Новгород) и Ивана Злобина Манакова (1596 год, Смоленск). Отдельно указаны Манаковы как помещики в конце того же века в Вотской пятине (новгородские земли). Эти записи показывают, что фамилия не была закреплена за одним сословием: она встречалась и у крестьян, и у служилых людей.

Таким образом, фамилия Манакины могла возникнуть и как «сын Мануила», и как «потомок монаха». Обе версии имеют право на существование, и выбрать какую-то одну без дополнительных генеалогических данных сложно. Ясно одно: перед нами старинная русская фамилия с прозрачной словообразовательной структурой, уходящая корнями в быт и верования средневековой Руси.