Фамилия Манака — редкий пример, где окончание -а не указывает на украинское или белорусское происхождение, а сохраняет древнюю русскую форму прозвища или имени. Чаще всего такие фамилии «застыли» в именительном падеже единственного числа, и их носители — прямые потомки человека, которого в документах записали просто Манака, без привычного суффикса принадлежности.

Скорее всего, в основе лежит имя Манак — разговорный вариант крестильного имени Мануил (Иммануил). В переводе с греческого Иммануил означает «с нами Бог». Святой покровитель этого имени — мученик Мануил, пострадавший за веру вместе с Феодосием в 304 году в Сирии. Уменьшительная форма Манак возникла естественным путём в бытовой речи, как, например, Минак от Мина или Кузьмак от Кузьма.

Впрочем, есть и другая версия, связанная с диалектным словом «манака» — так в некоторых говорах называли не в меру уступчивого, слабохарактерного человека, который не может устоять перед соблазнами. В этом случае фамилия произошла напрямую от прозвища, данного по черте характера.

В исторических документах фамилия фиксируется с XVI века. С. Б. Веселовский упоминает крестьянина Манака Григория (1545 год, Новгород) и Ивана Злобина Манакова (1596 год, Смоленск). А в конце XVI века в Вотской пятине записаны помещики Манаковы — это говорит о том, что фамилия бытовала в разных сословиях, от крестьян до служилых людей. Современная форма Манака — это не искажение, а архаичная беспадежная запись, которая закрепилась за родом.