Фамилия Манаканова — женская форма мужской фамилии Манаканов, и её разбор стоит начать с суффикса. Типичный русский патронимический суффикс -ов указывает на происхождение от отца или предка: Манаканов буквально означает «сын Манакана». Сама основа Манакан — это, скорее всего, прозвище или диалектное имя, образованное от тюркского корня.

Самый вероятный источник — тюркское слово «манак» или «манака», которое в разных языках (татарском, башкирском, казахском) означает «детёныш животного», «ягнёнок» или «жеребёнок». В переносном смысле так могли назвать маленького, хрупкого или младшего в семье ребёнка. Уменьшительный суффикс -ан (Манакан) усиливает ласкательный оттенок — «маленький ягнёночек», «детка». В русских говорах слово «манак» фиксировалось в значении «маленький, невзрачный человек», что тоже могло стать прозвищем.

Менее распространённая, но допустимая версия — связь с тюркским именем Манак, которое восходит к арабскому «манак» (достоинство, качество). Однако в народной среде такие имена чаще переосмыслялись через бытовые прозвища, поэтому версия с «детёнышем» выглядит правдоподобнее.

Географически фамилия Манаканов (и Манаканова) наиболее характерна для регионов с тюркским населением — Татарстана, Башкортостана, а также для южного Урала и Поволжья, где смешивались русские и тюркские фамильные модели. Встречается она и в казахской среде, где суффикс -ов был добавлен при русификации фамилий в XIX–XX веках.

Интересная деталь: ударение в фамилии обычно падает на третий слог — Манака́нова, что типично для русских фамилий на -ов с тюркской основой. В тюркских языках ударение было бы на последнем слоге, но при адаптации оно сместилось по законам русского языка. Эта особенность написания и произношения — один из признаков, по которому фамилию можно отличить от похожих, например, от Мана́канов (с ударением на второй слог, что встречается реже).

В дореволюционных переписях носители фамилии могли записываться как крестьяне или мещане, но точных сословных данных по конкретной линии нет — фамилия не была дворянской и не фиксировалась в родословных книгах. Её носители — потомки людей, получивших прозвище по внешности или возрасту, и со временем это прозвище закрепилось как фамильное имя.