Фамилия Манакова обычно происходит от крестильного имени Мануил (от древнееврейского Иммануил — «с нами Бог»). В повседневной речи имя сократили до формы Манак, от которой и пошла фамилия. Покровителем имени считается мученик Мануил, пострадавший за веру в 304 году в Сирии вместе с Феодосием.

Но есть и другие версии. По одной из них, прозвище Манак связано со словом «манатья» — монашеское одеяние. Так могли назвать монаха или человека, носившего рясу. По другой версии, в основе лежит слово «манчик» — «упряжной олень». Тогда фамилия могла достаться от оленевода, и это указывает на род занятий предка.

В ономастике встречается и третье толкование: Манак — человек, не способный устоять перед соблазнами.

В исторических источниках фамилия известна с XVI века. С. Веселовский упоминает крестьянина Манака Григория (1545 год, Новгород), Ивана Злобина Манакова (1596 год, Смоленск) и помещиков Манаковых конца XVI века из Вотской пятины. Суффикс -ов в фамилии Манакова — стандартный русский патронимический показатель, указывающий на принадлежность к роду человека по имени Манак.