Мужское крестильное имя Мануил (Иммануил) в переводе с греческого означает «с нами Бог». В основу фамилии легла производная форма этого имени — Манак. Святым покровителем этого имени считался мученик Мануил, который вместе с Феодосием пострадал за веру во Христа в 304 году в Сирии. Согласно другой гипотезе, фамилия Манакова образована от прозвища Манак, которое связано с древнерусским словом «манатья» - «одеяние монаха». Соответственно, такое прозвище могли дать монаху. Возможно также, что в основе прозвища лежит нарицательное «манчик» - «упряжной олень». В таком случае прозвище Манак относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность основателя фамилии: он мог быть оленеводом. В этом случае Манак – человек, не способный устоять перед соблазнами. Веселовского упоминаются: Манак Григорий, крестьянин, 1545 г., Новгород; Иван Злобин Манаков, 1596 г., Смоленск; Манаковы, помещики, конец XVI в., Вотская пятина. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Манак, со временем получил фамилию Манакова.