Фамилия Манакина — женская форма, образованная от мужской фамилии Манакин, которая возникла через притяжательный суффикс -ин от личного имени или прозвища Манака. Сама основа Манак — предмет спора ономастов, и здесь возможны два основных пути.

Первый и самый вероятный: Манак — это народная, разговорная форма церковного имени Мануил (от древнееврейского Иммануил — «с нами Бог»). В русской бытовой среде длинные и неудобные для произношения имена часто усекали: Мануил превращался в Манаху, Манака, а то и просто в Маню. Так что предок нынешних Манакиных мог быть крещён Мануилом, а в семье зваться Манакой.

Вторая версия связывает фамилию с прозвищем, данным по занятию или поведению. Древнерусское слово «манатья» означало монашеское одеяние. Отсюда Манакой могли прозвать монаха или, напротив, человека, который вёл себя не по-монашески — не способного устоять перед соблазнами, гуляку. В словаре С. Б. Веселовского «Ономастикон» зафиксированы реальные носители: Манак Григорий, новгородский крестьянин (1545 год), и Иван Злобин Манаков из Смоленска (1596 год). Там же упомянуты Манаковы — помещики Вотской пятины конца XVI века. Эти примеры показывают, что фамилия бытовала в разных слоях общества: от крестьян до служилых людей.

Есть и третья, более редкая гипотеза: связь со словом «манчик» (упряжной олень). Но она менее обоснована — ни в исторических документах, ни в диалектных словарях устойчивой традиции называть людей «манаками» по оленьей упряжке не прослеживается.

Суффикс -ин в фамилии Манакин указывает на принадлежность: «чей?» — Манакин, то есть сын, потомок или человек из рода Манака. Такая модель характерна для северных и центральных русских земель. В итоге фамилия Манакина — это буквально «принадлежащая роду Манакиных», а её основа либо восходит к каноническому имени Мануил, либо к прозвищу, связанному с монашеством. Оба варианта реальны, и без конкретной родословной определить, какой из них верен для отдельной семьи, невозможно.