Фамилия Манатко звучит компактно и по-южнорусски: суффикс -ко характерен для украинских и белорусских фамилий, образованных от прозвищ или имён. В данном случае основа — «Манат» — скорее всего, усечённая форма личного имени, например, Емельян (в народной форме Еман или Мана) или Манассия. В украинской традиции такие уменьшительные имена, как Манато, легко превращались в фамилию с патронимическим суффиксом -ко, то есть «сын Маната» или «потомок человека по прозвищу Манат».

Но есть и другая, более бытовая версия. В южных говорах «манат» означало «пожитки, скарб, хозяйственное добро». Человек, которого прозвали Манатом, мог быть запасливым хозяином, собирателем добра, или, наоборот, тем, кто много носит с собой. В этом случае фамилия Манатко — прозвищная, указывающая на характер или привычку предка.

Географически фамилия тяготеет к западу и югу Украины, встречается в Черкасской, Винницкой, Кировоградской областях, а также среди переселенцев на Кубани. В России она редка, но фиксируется в Ростовской области и Ставрополье — там, где оседали украинские крестьяне в XIX веке.

Интересно, что фамилия не имеет типичного русского суффикса -ов/-ев, что сразу говорит о её происхождении из среды, где фамилии закрепились позже и часто без «обрусения» окончания. Носители Манатко в большинстве — потомки крестьян или казаков, и фамилия сохранила свою исходную форму без изменений, в отличие от многих однокоренных, которые могли превратиться в Манатов.