Фамилия Манаенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Иммануил. Манай — просторечная форма мужского крестильного имени Мануил (Иммануил). Это имя в переводе с греческого означает «с нами Бог». Согласно другой гипотезе, фамилия Манаенко образована от прозвища Манай, которое связано с украинским словом «мана» - «наваждение». В таком случае Манаем могли называть человека, не способного устоять перед соблазнами. Поэтому Манаенко буквально понималось как «сын Маная».