Фамилия Манаенко — характерный пример украинской модели образования: суффикс -енко указывает на прямое родство, буквально «сын Маная» или «потомок Маная». Основа, Манай, — это просторечная, усечённая форма крестильного имени Мануил, которое восходит к библейскому Иммануилу. В переводе с иврита оно означает «с нами Бог», а греческая версия звучала как Эммануил.

Однако есть и другая версия, менее очевидная, но заслуживающая внимания. Украинское слово «мана» означает «наваждение», «обман», «призрак». В этом случае прозвище Манай могли дать человеку, который легко поддавался соблазнам или, наоборот, был склонен к фантазиям и самообману. В народной среде такие прозвища нередко закреплялись за людьми с живым воображением или непостоянным характером.

В пользу первой версии — большая распространённость фамилий, образованных от канонических имён. Имя Мануил в просторечии давало много вариантов: Мануйлов, Манаков, Манаев. Фамилия Манаенко органично вписывается в этот ряд, отличаясь лишь типичным украинским окончанием.

В написании фамилии есть одна особенность: ударение, как правило, падает на второй слог — Мана́енко. Это тоже указывает на украинское происхождение, где суффикс -енко почти всегда безударный. Встречается и вариант Мана́енко, но он редок и, скорее всего, результат адаптации в русском языке.

Географически фамилия чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины, а также в прилегающих регионах России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. Сословно носители фамилии были в основном из крестьян и казаков — никаких дворянских или купеческих линий, связанных с Манаенко, не зафиксировано.

Таким образом, корень фамилии — либо церковное имя с богословским смыслом, либо бытовое прозвище с оттенком иронии. В любом случае, Манаенко — это не застывшая форма, а живое напоминание о том, как имя или характер предка превратились в родовое обозначение.