Фамилия Манатьев — одна из тех, что хранит в себе память о давно исчезнувшем личном имени. Её основа — каноническое мужское имя Манатия, которое носил один из персонажей Ветхого Завета. В русской бытовой традиции это имя, как и многие другие греческие и еврейские имена, упрощалось до краткой формы Манатий или Манать. От неё и пошла фамилия.

Модель образования здесь классическая и прозрачная: к основе Манать- добавился патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — «Манатьев сын»). Суффикс -ев, а не -ов, стоит после мягкого согласного. Это типичная русская фамилия-отчество, которая закрепилась за потомками человека по имени Манатий. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках имя Манатий встречалось нечасто, но стабильно, особенно в среде крестьян и мещан центральных губерний России.

Стоит отметить, что в некоторых говорах имя Манатий могли произносить как Манатей, отсюда возможен вариант Манатеев, но форма Манатьев — основная и исторически более точная. Встречается она в основном в документах XIX — начала XX века, например, в записях по Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниям.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Манатьев стоит в одном ряду с Манатьиным, Манатовым и Манатиным. Все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами. Фамилия Манатьев — самая распространённая из этого ряда, что говорит о закреплении именно этой формы в официальных записях. Сейчас носители фамилии живут по всей России, но чаще всего встречаются в Поволжье и на юге страны.