Фамилия Манатова — женская форма фамилии Манатов, которая образована от мужского имени или прозвища Манат. В русской ономастике суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность: Манатов буквально означает «сын Маната» или «потомок Маната». А вот с самим корнем «манат» не всё однозначно.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках слово «манат» (или «мана») имеет несколько значений, но чаще всего его связывают с понятием «деньги» или «монета». В современном азербайджанском языке манат — это национальная валюта. Однако в прошлом прозвище Манат могли дать человеку, связанному с деньгами: ростовщику, сборщику податей, богатому торговцу или просто тому, кто вёл денежные расчёты. В этом случае фамилия Манатова — родственная по смыслу фамилиям Денежкин, Грошов, Алтынов.

Вторая версия, менее распространённая, но тоже возможная, — от арабского имени Манат, которое восходит к имени древней аравийской богини судьбы и воздаяния (в доисламской мифологии). Правда, в русской среде такое имя — редкость, и эта гипотеза скорее объясняет фамилию у народов, исповедующих ислам, но не у русских.

Географически фамилия Манатов (и Манатова) встречается в Татарстане, Башкортостане, в Азербайджане, а также среди казанских татар и башкир. В русских регионах она редка и, скорее всего, появилась через смешанные браки или при переезде носителей из национальных республик.

Таким образом, предки человека с фамилией Манатова, вероятнее всего, жили в Поволжье или на Кавказе, а их прозвище было связано с деньгами и финансовыми делами. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформилась в русской языковой среде, но корень остался тюркским.