Фамилия Манатина — женская форма, но разговор удобнее вести о мужском варианте, Манатин, от которого она образована. В русской традиции фамилии на -ин обычно происходят от основ, оканчивающихся на -а или -я. Здесь основа — Манат. Что стоит за этим словом — вопрос, на который нет одного ответа, и это как раз тот случай, когда стоит разобрать несколько версий, не навязывая единственную.

Самая прямая и бытовая версия — отчество от нецерковного имени или прозвища Манат. В русских говорах слово «манат» имело несколько значений. В одних диалектах так называли крупный рогатый скот, иногда с оттенком «скотина вообще». В других — нечто большое, громоздкое, неуклюжее. В третьих, особенно на юге, «манат» могло означать просто «имущество, пожитки» (ср. украинское «манаття»). Прозвище Манат могли дать человеку либо по внешней особенности (крупный, грузный), либо по характеру (медлительный, неповоротливый), либо — если верить значению «имущество» — как ироничное имя для того, кто был небогат, или, наоборот, для запасливого хозяина.

Есть и другая, менее очевидная линия. В некоторых регионах, особенно в Поволжье и на Урале, фиксировалось имя Манат как вариант крестильного имени Ермолай или, реже, Амвросий. Это народная переработка, когда длинное и непривычное церковное имя сокращали до одного-двух слогов. В таком случае фамилия Манатин — это прямая отчество от сокращённой формы имени, и предок был попросту Манатом, то есть Ермолаем.

Словообразовательная модель типична: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Маната). Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. Встречается она не повсеместно, а заметно чаще в центральных и южных областях России — в Тульской, Рязанской, Воронежской, а также на Дону. Это косвенно подтверждает связь с южнорусскими говорами, где слово «манат» в значении «имущество» или «скотина» было в ходу.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Манатов, Манаткин, Манатьев — показывает, что основа Манат устойчива и не является случайным искажением. Вариант Манатина, таким образом, — это фамилия, за которой стоит либо бытовое прозвище по внешности или хозяйству, либо народная форма крестильного имени. Выбрать одну версию без знания конкретной семейной истории невозможно, но обе правдоподобны и по-своему объясняют происхождение.