Фамилия Махныткин — редкий пример, где суффикс -ын- спорит с привычным -ин-. В русских фамилиях суффикс -ин стандартно присоединяется к основам на -а/-я: Махна → Махнин. Здесь же мы видим Махныт-кин, что указывает на промежуточную форму — прозвище или имя Махнытка. Это уменьшительно-ласкательный вариант от Махно, а то, в свою очередь, — украинская или южнорусская форма имени Максим (от Максим → Махно). Так что предок носителя фамилии, скорее всего, звался Максимом, а в быту его называли Махныткой.

Словообразовательная цепочка проста: Махно → Махныт(к)а (с суффиксом -ытк-, характерным для юго-западных говоров) → Махныткин. Суффикс -ын в данном случае — вариант -ин, возникший из-за твёрдого согласного т: после него по фонетическим причинам могло писаться -ын, хотя в современной орфографии обычно закрепляется -ин. Такие колебания встречаются в фамилиях XIX века, когда единых правил записи не было.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине. Махно — распространённое прозвище в Запорожье и на Слобожанщине, оттуда же идёт и Махныткин. Встречается она редко, преимущественно в Курской, Белгородской и Воронежской областях. Это косвенно подтверждает, что предки были крестьянами или казаками: в этих краях фамилии на -ин часто закреплялись за простыми людьми, а не дворянами.

Спорных версий немного. Иногда Махныткина пытаются связать с глаголом «махать» или словом «махан» (мясо), но это натяжка. Прозвище Махна — однозначно от имени, а не от действия. Единственная альтернатива — если Махнытка было прозвищем человека с растрёпанными волосами («махнатый»), но и тогда корень тот же, просто смысл другой. Версия с именем Максим выглядит убедительнее: она объясняет и форму, и распространённость подобных уменьшительных имён.

В целом, фамилия Махныткин — типичный пример того, как редкая диалектная форма имени превратилась в фамилию, сохранив в суффиксе следы живой народной речи XIX века.