Фамилия Махонько образована от ласкательного прозвища Махонький, которое родители обычно давали новорожденному. Подобным образом могли прозвать и низкорослого, миниатюрного человека. Данная фамилия была распространена на Украине, о чем свидетельствует суффикс –ко. В Малороссии же фамилия Махонько могла быть связана и с глаголом «махонати», то есть «махнуть, размахнуться». В этом случае она могла указывать на особенности манеры предка, любившего размахивать руками или широко шагать. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Махонький, со временем получил фамилию Махонько.