Фамилия Махонь, соре всего, образована от аналогичного прозвища. Оно, предположительно, берет начало от украинского глагола «махонати» со значением «махнуть, размахнуться». Вероятно, именование Махонь отражает особенности поведения его обладателя. Так могли назвать того, кто широко шагал и размахивал руками при ходьбе. Возможно также, что именование Махонь относится к профессиональным и указывает на род занятий его носителя. Так, например, в Книге памяти Пермской области упоминаются Елизавета Екимовна Махонь, родившаяся в 1902 году в городе Ревель, Игнат Андреевич Махонь, родившийся в 1896 году в деревне Витахмо Виленской губернии.