Фамилия Махонин образована от прозвища Махоня, которое восходит к прилагательному «махонький», то есть «маленький». Скорее всего, так называли низкорослого, миниатюрного человека. Однако, Махоней родители ласково могли прозвать своего новорожденного ребенка. Согласно другой версии, прозвище Махоня произошло от глагола «махать». Дело в том, что процесс «махания», или проветривания, веяния использовался при помоле муки на мельнице, при изготовлении льняной ткани. Возможно, основатель рода Махониных был мукомолом, либо ткачом. Однако, Махоней могли называть и того, кто делает все на авось. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Махоня, со временем получил фамилию Махонин.