Фамилия Махонин ведет начало от личного прозвища Махоня. В его основе лежит прилагательное «махонький» — ласковое народное слово, означающее «маленький». Так могли называть либо низкорослого взрослого человека, миниатюрного и щуплого, либо, что не менее вероятно, родители нежно величали так своего новорожденного ребенка. В этом случае прозвище несло чисто семейный, теплый оттенок и закреплялось за человеком на всю жизнь.

Существует и иное, менее очевидное объяснение. Некоторые исследователи возводят прозвище Махоня к глаголу «махать». Здесь открывается неожиданная ремесленная подоплека. Процесс махания, то есть проветривания и веяния, был критически важен при помоле муки на мельнице и при изготовлении льняного полотна. Следовательно, основатель рода Махониных мог быть мукомолом или ткачом, чью работу окружающие описали одним метким словом.

Впрочем, есть и третья, бытовая версия. Махоней в народе могли иронично прозвать человека, который привык все делать на авось, полагаясь на удачу, — этакого размашистого и беспечного в делах. Какая из версий верна для конкретной семьи, сегодня сказать трудно, но словообразовательная модель фамилии сомнений не вызывает: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Махонин буквально означает «сын Махони», потомок человека, носившего это прозвище.