Фамилия Махонин происходит от личного прозвища Махоня и построена по самой распространенной на Руси модели: к основе добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Буквально Махонин — это «сын Махони», потомок человека, носившего такое прозвище. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединялся к основам на -а/-я, что как раз наш случай.

Что означало само прозвище? Самая очевидная версия связывает его с прилагательным «махонький», то есть «маленький». Так могли называть либо низкорослого взрослого человека, либо, с умилением, новорожденного ребенка. В этом случае фамилия ничего не говорит о роде занятий предка, зато сохранила память о его внешности или о том, как его ласково величали в семье.

Есть и вторая версия, более производственная. Она возводит прозвище к глаголу «махать». В старину «махание» — это провеивание зерна при помоле муки на мельнице, а также процесс обработки льна при изготовлении ткани. Если придерживаться этой гипотезы, родоначальник Махониных мог быть мукомолом или ткачом. Правда, у этой версии есть слабое место: отглагольные прозвища обычно строятся по другим моделям, и «Махоня» от «махать» — не самый естественный вариант. Куда вероятнее, что в основе все же лежит «махонький», а связь с ремеслом — лишь народная этимология.

Еще одно толкование, которое иногда встречается, — прозвище для человека, который делает всё на авось, как бы «машет рукой» на последствия. Такая трактовка возможна, но она явно вторична и возникла позже, когда исходный смысл прозвища уже стерся.

Говорить о точном месте и времени возникновения фамилии сложно: фамилии у крестьян и посадских людей закреплялись на протяжении нескольких столетий, и единого акта их создания не было. Но словообразовательная модель и диалектный характер основы указывают на севернорусские или центральные говоры, где слово «махонький» было особенно употребительно.

В итоге фамилия Махонин — это типичный памятник славянской антропонимии: она не вычленяет какую-то редкую профессию или сложный социальный статус, а фиксирует простое и теплое прозвище, которое могло закрепиться за человеком маленького роста или за ребенком, которого так звали родители.