Фамилия Махонина образована от прозвища Махоня, и в этом сходятся большинство исследователей. Первое, что приходит на ум при разборе, — связь с прилагательным «махонький», то есть «маленький». Так могли назвать низкорослого человека, но не обязательно во взрослом возрасте: Махоней родители ласково величали своего новорожденного ребенка. Эта версия выглядит самой естественной, ведь уменьшительно-ласкательные формы с суффиксом -оньк-/-еньк- как раз и передают оттенок нежности и малости.

Однако есть и другие трактовки, и они уводят нас в сторону ремесла. Одна из них связывает прозвище с глаголом «махать». Здесь важно вспомнить, что «махание», или веяние, — это часть помола муки на мельнице и один из этапов обработки льна при изготовлении ткани. Соответственно, Махоней могли прозвать мукомола или ткача, а фамилия тогда относится к «профессиональным» именованиям, указывающим на занятие предка. В этом же ряду стоит и редкое древнерусское значение слова «махоня» — сигнальщик на судне, человек, который подавал знаки, то есть тоже махал.

Есть и третья, более житейская версия, которая не связана ни с ростом, ни с профессией. В народе Махоней могли иронично называть того, кто делает всё на авось, действует небрежно, «махнув рукой» на последствия. Такой человек словно бы машет руками в суете или отмахивается от дел.

Сама фамилия закрепилась в женской форме Махонина, что типично для русской традиции, где жена и дети записывались по отцу. Мужской вариант — Махонин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Махонин, то есть сын, потомок Махони. Эта модель одна из самых распространённых в русских фамилиях, но основа у неё здесь не церковная, а прозвищная, что делает фамилию более народной по происхождению.